Sie ermittelt in Zusammenarbeit mit den entsprechenden Spezialisten der bayerischen Polizei z. B. bei Angriffen auf bedeutende Wirtschaftszweige oder bei Verfahren aus dem Bereich der organisierten Cyberkriminalität.

In Abstimmung mit dem Bayerischen Staatsministerium der Justiz ist die Zentralstelle ferner für verfahrensunabhängige Fragestellungen aus dem Bereich der Cyberkriminalität zuständig. Schließlich unterstützen die Mitarbeiter der Zentralstelle die bayerische Justiz bei der Aus- und Fortbildung im Bereich der Cyberkriminalität.

Für besonders komplexe oder technisch schwierige Fälle im Bereich Kinderpornografie und sexuellem Missbrauch im Internet wurde zum 1. Oktober 2020 das Zentrum zur Bekämpfung von Kinderpornografie und sexuellem Missbrauch im Internet (ZKI) als besondere Organisationseinheit unter dem Dach der Zentralstelle Cybercrime Bayern errichtet.

Zum 1. Oktober 2022 wurde bei der Zentralstelle Cybercrime Bayern die Taskforce „Cyberangriffe auf Unternehmen und Einrichtungen“ eingerichtet, um den Kampf gegen diese Kriminalitätsform weiter zu intensivieren.

Ebenfalls zum 1. Oktober 2022 wurden besonders komplexe Verfahren im Bereich Cybercrime, für die die Landgerichte in erster Instanz zuständig sind, bayernweit am Landgericht Bamberg gebündelt. Damit sollen Verfahren beschleunigt und mit Spezialwissen die Qualität der Rechtsprechung noch weiter erhöht werden.